1955年、ミシガン州のニューゼベディ。
両親を車の事故で亡くした10歳のルイス・バーナヴェルトは、伯父のジョナサンに引き取られる。若い頃に家出したジョナサンは、ルイスの両親の葬式にも参列しておらず、ルイスも会うのが初めてだった。
住宅地のいちばん奥にあるジョナサンの古い屋敷の中には、いたる所に時計が置かれ、不思議な雰囲気が漂っている。じつはジョナサンは魔法使いで、隣に住むフローレンス・ツィマーマン夫人も、かつて強力な魔法を操る魔女だった。
ただしジョナサンの腕前は二流で、ツィマーマンは超一流。彼らは何かと相手の悪口を言い合うのだが、実際には仲が良さそうで、喜んでルイスを迎えてくれる。
屋敷での最初の夜、ルイスは自室の外を誰かがうろついていることに気づく。ジョナサンが廊下を歩き回っているのだ。翌朝、壁のステンドグラスの絵柄が変わっているなど、ルイスは屋敷に何か秘密があることを察するのだった。
新しい学校に通うことになったルイスだが、スポーツが苦手でなかなか友人ができない。そんな彼にただ一人、声をかけてくれたのは、スポーツ万能でハンサムの人気者、タービーだった。
どうやらジョナサンは、屋敷のどこかに隠された魔法の時計を探しているらしい。その場所は壁の中らしく、ジョナサンは壁を叩き壊したりもしている。不安を募らせるルイスの前に現れたのは、亡き母の幻で、彼は母から「本と鍵を探しなさい」と告げられた。
勇気をもって屋敷内を探索するルイスだが、なんと壁の絵や椅子、オルガンなどが勝手に動き出し、びっくり仰天！混乱するルイスを落ちつかせるため、ジョナサンは自分が魔法使いで、魔法の時計を隠したのは、亡き親友の魔法使いで、この屋敷の元持ち主、アイザック・イザードであると伝える。アイザックは闇の魔法を使って時計を作ったらしい。そして中秋の名月の夜、ジョナサンとツィマーマン夫人はルイスに魔術を見せ、呪文のテクニックを教えるのだった。
呪文を学んだルイスは、学校でも簡単な魔法を使うようになったが、友人だと思っていたタービーが選挙で学年代表の生徒になり、骨折も回復したことで、冷たくあしらわれてしまう。タービーの気を引きたいルイスは、伯父のジョナサンが魔術師であると教え、屋敷に誘う。ジョナサンから「開けてはダメ」と言われていた棚をタービーに強要されて開けるルイス。そこに入っていたのは「降霊術」の本だった。
本を読んだルイスが、死者を生き返らせる呪文を唱えたところ、あろうことかアイザックが甦ってしまった！このままではアイザックが魔法の時計の鍵を手に入れ、動かしてしまう。時計が動き出せば時間が逆戻りして、この世界すべてが過去となり、失われてしまうというのだ。甦ったアイザックに、ルイスとジョナサンはどう対抗するのか？思いもよらぬ魔法バトルの火ぶたが切って落とされたーー！
